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Il Centro Intercomunale “Arno Sud-Est fiorentino” sorge nell'area sud orientale della Provincia di Firenze, i cui confini sono delimitati ad est ed a nord dal fiume Arno. Durante il suo percorso, scorrendo da sud verso nord, l'Arno costeggia i comuni di Figline e Incisa Valdarno, Rignano sull'Arno e di Bagno a Ripoli, che sono i tre Comuni della Gestione Associata.
Il territorio del Centro Intercomunale racchiude due aree geograficamente distinte:
- la zona omogenea a Firenze rappresentata dal Comune di Bagno a Ripoli;
- il medio Valdarno Superiore fiorentino che si estende nei Comuni di Rignano sull'Arno e di Figline e Incisa Valdarno.
La zona nord-occidentale del territorio è delimitata dalla catena collinare del Chianti, dal Monte San Michele, dal Monte Muro fino ad arrivare al Poggio di Firenze e Fontesanta. La parte sud-orientale è costituita invece da una serie di aree pianeggianti di origine alluvionale, la valle dell'Arno, in cui si trovano i maggiori insediamenti industriali e civili.
Il Valdarno Superiore è un'ampia vallata che costituisce un'area geografica omogenea tra la Toscana interna, la Valdichiana e la regione Umbro-Laziale; il confine fra la Provincia di Arezzo e quella di Firenze delimita l'area del Valdarno superiore in due ambiti amministrativi, quello del Valdarno Superiore aretino e, quello fiorentino dove si inserisce parte del Centro Intercomunale di protezione civile.
I principali rischi presenti sul territorio sono:
- rischio idraulico ed idrogeologico
- rischio sismico
- rischio viabilità